Die Bundesregierung unterstützt die Finanzierung medizinischer Forschung an Hochschulen, Universitätskliniken, außeruniversitären Forschungseinrichtungen und in der Wirtschaft. Bis 2018 liegt der Schwerpunkt auf der Erforschung von Volkskrankheiten. Darüber hinaus legt das Programm besonderen Augenmerk auf individualisierte Therapieansätze, Präventions- und Ernährungsforschung, Versorgungsforschung, Gesundheitswirtschaft und global vernetzte Forschungsansätze. Die Förderung wird durch institutionelle Förderung außeruniversitärer Einrichtungen, die Ressortforschung und definierte Fördermaßnahmen im Rahmen der Projektförderung konkretisiert. Die Projektförderung erfolgt insbesondere für kurz- bis mittelfristige Forschungsziele im Rahmen definierter Förderschwerpunkte.
Ziel ist es, durch eine engere Verknüpfung der Kompetenzen, Disziplinen und Institutionen Forschungsergebnisse in Zukunft schneller aus der Grundlagen- und der klinischen Forschung in die medizinische Versorgung zu bringen und damit bessere Therapiechancen für die Patienten zu eröffnen. Anträge können von Unternehmen, Hochschulen und außeruniversitären Forschungseinrichtungen gestellt werden. Die Höhe des Zuschusses bei Vorhaben von Hochschulen oder außeruniversitären Forschungseinrichtungen richtet sich nach der Höhe der entstehenden Ausgaben. Zur Umsetzung des Programms werden Bekanntmachungen zu einzelnen Schwerpunkten veröffentlicht.