Der Fonds bildet die Grundlage für die Finanzierung der Gemeinsamen Fischereipolitik (GFP) der Europäischen Union. Der Fonds trägt überwiegend zur Kofinanzierung nationaler Programme bei (geteilte Mittelverwaltung). Ziele des EMFF sind die Förderung einer ökologisch nachhaltigen, ressourcenschonenden, innovativen, wettbewerbsfähigen und wissensbasierten Fischerei und Aquakultur, die Unterstützung der Durchführung der Gemeinsamen Fischereipolitik durch Verbesserung der wissenschaftlichen Erkenntnisse und der Datengrundlage sowie durch Begleitung, Kontrolle und Durchsetzung der Vorschriften, die Steigerung der Beschäftigung und des territorialen Zusammenhalts in den von der Fischerei und der Aquakultur abhängigen Regionen an der Küste und im Binnenland, die Förderung der Verarbeitung und Vermarktung von Fischerei- und Aquakulturerzeugnissen, die Förderung der Durchführung der Integrierten Meerespolitik (IMP) der EU. Die Förderung darf nicht zu einer Erhöhung der Fangkapazität sowie zum Bau oder zur Einfuhr von Fischereifahrzeugen führen.