Die De-minimis-Verordnung gilt für Beihilfen an Unternehmen des Fischerei- und Aquakultursektors. Es gibt jedoch eine Reihe von Ausnahmen, z.B. für Beihilfen, die sich nach dem Preis oder der Menge erworbener oder vermarkteter Erzeugnisse richten, für exportbezogene Tätigkeiten, für die bevorzugte Verwendung heimischer Erzeugnisse, für den Kauf oder Bau von Fischereifahrzeugen sowie für die Einstellung von Fangtätigkeiten. Auch Beihilfen an Unternehmen in Schwierigkeiten gelten nicht als De-minimis-Beihilfen. Die Höchstbeträge gelten für De-minimis-Beihilfen gleich welcher Art und Zielsetzung. Die De-minimis-Verordnung gilt nur für so genannte „transparente“ Beihilfen.