Die Kehrseite der kostengünstigen UG-Gründung besteht aus einigen Einschränkungen, die eine Gründung per Musterprotokoll mit sich bringt:  Zum einen ist die Zahl der Gesellschafter auf drei beschränkt, und es darf auch nicht mehr als einen Geschäftsführer geben. Auch sind individuelle Nachfolgeregelungen wie etwa Vorkaufsrechte für die verbleibenden Gesellschafter beim Ausscheiden eines Gesellschafters nicht möglich.

Natürlich ist grundsätzlich jeder Vertrag zu einem späteren Zeitpunkt änderbar. Allerdings führt eine Änderung der Satzung dazu, dass nachträglich ein individueller Gesellschaftsvertrag erstellt werden muss. Spätestens dann fallen erhebliche Beratungs- und erneut Notarkosten an, so dass unter dem Strich nichts gespart wird, wenn man erst per Mustersatzung gründet und später eine individuelle Satzung „nachrüstet“. Im Gegenteil: die Notwendigkeit mehrfacher Beurkundungen verteuert die Gründung gehörig. Auch sollte man berücksichtigen, dass eine nachträgliche Satzungsänderung nach § 53 des GmbHG nur mit einer Dreiviertelmehrheit durchführbar ist. Diese ist bei einer Höchstzahl von drei Gesellschaftern praktisch nur einstimmig zu erreichen.

Achtung: Die meisten Serviceanbieter, die Paketangebote für Firmengründungen offerieren, gründen ausschließlich per Musterprotokoll.

Daher sollten UG-Gründer, die eine Mehr-Personen-Gesellschaft gründen, von vorneherein eine individuelle Satzung ins Auge fassen. Für sie gilt dann wie bei der GmbH ein Gegenstandswert von 30.000 Euro, egal ob die neue UG 1 Euro Stammkapital besitzen soll oder 24.999 Euro (theoretischer Höchstbetrag).

Wenn die Gründung doch per Musterprotokoll laufen soll, was ja für Ein-Personen-UGs durchaus Sinn macht, errechnen sich die Kosten wie bereits gesagt an der Höhe des tatsächlichen Stammkapitals. Allerdings gibt es Mindestgebühren. Diese betragen bei der Ein-Personen-UG 60 Euro für die Beurkundung des Musterprotokolls, bei Mehrpersonen-UGs 120 Euro. Die Gebühren gelten für Stammeinlagen von 1 Euro bis 7.000 Euro. Erst bei Stammeinlagen über 7.000 steigen die Preise für die Beurkundung.

Kostenbewusste Gründer, die ihre UG per Musterprotokoll an den Start bringen, sollten darauf achten, die Gründungskosten steuerlich zu optimieren. Auf die Notargebühren fallen 19 Prozent Umsatzsteuer an. Insgesamt dürfen bei Musterprotokoll-Gründungen aber nur 300 Euro administrative Gründungskosten in der neuen Firma geltend gemacht werden, die restlichen Kosten müssen von den Gesellschaftern privat getragen werden. Um die Vorsteuer, die bei den Notarkosten zusätzlich anfällt, nicht zu verlieren, sollten die UG-Gründer die Gebühren des Registergerichts (enthalten keine Umsatzsteuer) evtl. privat tragen und die Notargebühren bis zum Betrag von 300 Euro über die neue Firma abrechnen.

UG-Gründer, die per individueller Satzung an den Start gehen, sollten darauf achten, dass die Übernahme der gesamten Gründungskosten im Gesellschaftsvertrag geregelt ist.

Bei Verwendung der Mustersatzung fallen keine separaten Kosten für die Geschäftsführerbestellung an. Der entsprechende Beschluss ist bereits im Musterdokument enthalten. Auch erübrigt sich die Erstellung einer eigenen Gesellschafterliste, denn auch die ist Teil der Mustersatzung.

Lässt man diese Positionen, die man freilich auch selbst erledigen kann, vom Notar erbringen, so wird dies ziemlich teuer: 250 Euro berechnet der Notar für den Beschluss zur Geschäftsführerbestellung sowie 57,60 Euro für die Gesellschafterliste. Diese Werte gelten für die Ein-Personen-UG, bei der Mehr-Personen-UG summieren sich Gesellschaftervertrag plus Geschäftsführerbestellung auf 384 Euro, die Gesellschafterliste kostet weitere 96 Euro. Allerdings ist in dieser Betreuungsgebühr auch die Abfrage bzgl. der Firmierung bei der zuständigen IHK oder HWK enthalten.

Die amtlichen Gebühren für die Eintragung einer UG ins Handelsregister sind bundesweit identisch und betragen pauschal 150 Euro (es kommt keine Umsatzsteuer hinzu).

Weitere Gründungskosten entstehen durch die Gewerbeanmeldung. Da die Gemeinde- und Stadtverwaltungen diese Gebühren selbst festsetzen, sind diese bundesweit unterschiedlich. Sie liegen zwischen 10 und 60 Euro.